Boris Charmatz studierte an der École de Danse de l'Opéra de Paris und am Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse de Lyon; nach seinem Abschluss tanzte er bei Régine Chopinot in Ana (1990) und Saint-Georges (1991). 1992 trat er Odile Dubocs Compagnie ContreJour bei und wirkte in 7 jours/7 villes (1992), Projet de la Matière (1993) und Trois Boléros (1996) mit.

Auf die Gründung der Association Edna (1992) folgten Choreografie und Tanz in „A bras le corps“ (1993) und „Les Disparates“ (1994). Weitere Arbeiten von Boris Charmatz sind „Aatt enen tionon“ (1996), eine vertikale Choreografie für drei Tänzer, „herses (une lente introduction)“ (1997), ein Quartett für 5 Tänzer und einen Cellisten (Musik von Helmut Lachenmann), und „Con forts fleuve“, ein Stück für sieben Tänzer und zwei Statisten zu Texten von John Giorno und der Musik von Otomo Yoshihide. 2002 schuf er das Stück "heâtre - élévision", eine Pseudo-Show für einen Zuschauer.

Er nimmt regelmäßig an Improvisationsabenden teil, ist in verschiedenen Stücken besetzt und war ab 2002 für drei Jahre residierender Kurator und Research-Leiter am Centre National de la Danse in Pantin. In dieser Eigenschaft entwickelte er das Projekt „Bocal“, eine Art provisorische Wanderschule (oder Forschungsgruppe); dieses Projekt, an dem 15 Studenten aus unterschiedlichen Ländern und Disziplinen teilnehmen, nahm im Juli 2003 in Wien im Rahmen von ImPulsTanz seinen Anfang und wurde bei ImPulsTanz 2004 abgeschlossen.

Boris Charmatz hat gemeinsam mit Isabelle Launay das Buch „Entretenir/à propos d'une danse contemporaine“ geschrieben, das vom Centre National de la Danse und Les Presses du Réel veröffentlicht wurde.
Er ist Direktor des Musée de la danse in Rennes.